La mortalidad naturalmente producida durante el ciclo es dispuesta en un sistema de ensilaje, el cual tiene como principal característica la mantención de un pH bajo 3 que inhibe el crecimiento de virus y bacterías, además de mantener estables las proteínas y ácidos grasos lo que permite su reutilización en plantas de procesos especializadas.
Los efluentes que genera Novofish se caracterizan por sus bajos contenidos en general. El agua tratada se descarga al mar, luego de aplicación de Ozono. Sus parámetros continuamente muestreados cumplen con la normativa vigente (Decreto Supremo N°90, Norma de Emisión Descarga Residuos Líquidos a Aguas estrictamente Marinas y Continentales Superficiales)